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三分子遗传学研究（第10页）

PathwayCommons旨在收集并整合以标准格式可获得的所有公开的通路数据。

该数据库目前包含来自9个数据库的数据，具有超过1400个通路和687000个相互作用，并将持续扩展和更新。

（3）WikiPathways

该数据库的设立是为了促进生物通路在生物学界的发展。

WikiPathways是致力于生物通路开放协作的平台，从而出现了通路数据库的新模式，如KEGG、Reactome和Pathwaymons。

该数据库增加了一个自定义的图形化途径编辑工具和综合数据库，涵盖了主要的基因、蛋白和小分子。

2.Pathway分析工具

目前常用的免费分析工具有：DAVID（https：david.ncifcrf.gov）和WedGestalt（http：.webgestalt.cc）等等。

Ingenuitypathwayanalysis（IPA）分析工具综合了GO和pathway等分析功能。

该工具的主要特点有：自动从IPKB中数百万条研究结论中自动建模寻找最可能作用途径，研究者通过背景文献，预测调控趋势与实验结合建立假设模型。

其数据来源主要是顶尖杂志、专业书籍和相关知名公共数据库，主要内容包括：基因功能、蛋白相互作用、组织表达、生物标志物和药物靶标等。

该工具能够解决以下一些问题：①基因组学、转录组学：可以帮助解决大多数基因、转录组相关的生物问题。

②生物标志物发现：从实验数据集中识别最相关、最有潜力的候选生物标志物。

③微小RNA（microRNA）研究：结合microRNA靶标筛选工具与mRNA知识库来构建microRNA潜在调控机制。

④代谢组学：为代谢物提供关键的调控信息，从而理解代谢组数据中从细胞形态到代谢作用机制的信息。

⑤毒理学：提供化合物毒性及安全评估信息，提供全面的药理作用，药物代谢途径和毒性作用机制信息。

⑥蛋白质组学：对蛋白质组学数据进行全面分析，深入了解蛋白质表达机制和相关生物学过程。

（三）基于GWAS结果的后续分析

1.INRICH

该方法主要的计算步骤包括：①基于连锁不平衡获得独立的相关区域；②基于区域的permutation方法去计算经验富集

P

值；③对第二步的

P

值基于基因水平进行多重校正。

如应用该方法对36989例精神分裂症患者和113075例正常对照的GWAS分析结果进行通路分析，发现脆性X智力低下蛋白（fragileXmentalretardationprotein，FMRP）交互体（mRNAs）以及钙离子通道。

2.FORGE

该方法主要的计算步骤有：①通过基因组信息映射每个SNP到特定的基因上；②解析不同的基因集；③对基因或基因集的计算结果进行Meta分析，其中对每个通路分析采用了非参数检验方法。

该软件只需SNP信息及其对应的

P

值，以及对普通遗传相关分析软件的结果都能分析。

在计算过程中对基因或基因区域中的遗传突变位点基于连锁不平衡进行校正。

该工具下载地址：https：github.intiFORGE。

3.MAGENTA

该方法在执行通路分析时需要以下三个步骤：①在基因或基因间区域中选取最小

P

值的SNP位点；②采用多元线性回归方法对所得

P

值基于基因大小和连锁不平衡进行校正；③利用非参数检验得到通路分析的

P

值。